Chưa đầy một năm sau khi Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) ban hành Nghị định số 322/HĐBT ngày 18/10/1991 về Quy chế KCX thì đến ngày 21/9/1992, Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng đã cho phép tỉnh Cần Thơ (cũ) được thành lập KCX tại Trà Nóc, đây là một trong bốn KCX được thành lập đầu tiên trong cả nước.
So với nhiều địa phương khác trong cả nước, các khu chế xuất (KCX) và khu công nghiệp (KCN) Cần Thơ hình thành từ rất sớm.
Qua hơn 20 hoạt động, từ lúc ban đầu chỉ có KCX- KCN Trà Nóc 1 với diện tích 135 ha, đến nay, TP. Cần Thơ có 8 KCN tập trung được qui hoạch xây dựng bám theo tuyến sông Hậu, nằm ven trục quốc lộ 91 và tuyến đường Nam sông Hậu thuộc địa bàn các quận: Cái Răng, Bình Thủy và Thốt Nốt, với tổng diện tích trên 2.296 ha, đó là các KCN: Trà Nóc 1, Trà Nóc 2, Hưng Phú 1, Hưng Phú 2A, Hưng Phú 2B, Thốt Nốt, Ô Môn và Bắc Ô Môn.
Theo Ban quản lý các KCX và CN Cần Thơ, tính đến nay, các KCX và KCN Cần Thơ có 218 dự án đầu tư còn hiệu lực, thuê 588,91ha đất công nghiệp, với tổng vốn đầu tư đăng ký là 1,927 tỷ USD, vốn đầu tư đã thực hiện là 866,440 triệu USD, chiếm 45,97% tổng vốn đầu tư đăng ký. Trong đó, có 188 dự án đầu tư trong nước với tổng vốn đăng ký đầu tư là 1,691 tỷ USD, 23 dự án có vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài có tổng vốn đăng ký là 203,536 triệu USD. Các KCX và KCN Cần Thơ đang giải quyết việc làm cho 31.382 lao động của thành phố và các địa phương trong vùng ĐBSCL.
Trong đó, KCN Trà Nóc 1 và KCN Trà nóc 2 có tổng diện tích là 300 ha, đã cơ bản lấp đầy; KCN Hưng Phú 1 có diện tích 262 ha, đã lấp đầy 12,57% diện tích đất công nghiệp; KCN Hưng Phú 2A có diện tích 134,34ha, đã lấp đầy 13,39%; KCN Thốt Nốt có diện tích 600 ha, đã lấp đầy 54,35% diện tích đất công nghiệp của giai đoạn 1 (giai đoạn 1 là 150,57 ha); KCN Hưng Phú 2B có diện tích 67 ha, đang thực hiện các thủ tục về điều chỉnh qui hoạch, lập phương án đền bù để triển khai xây dựng hạ tầng KCN; KCN Ô Môn có diện tích 600 ha, đang lập qui hoạch tỷ lệ 1/2.000 và KCN Bắc Ô Môn có diện tích 400 ha, đang xin chủ trương qui hoạch lại theo địa điểm mới do điều chỉnh quy hoạch chung của TP. Cần Thơ.
Các KCN này được xem là có vị trị “đắc địa” trong vùng ĐBSCL, bởi KCN nào cũng có vị trí “tiền sông, hậu lộ”, tiếp giáp hai mặt tiền giao thông thủy và bộ, nằm ở trung tâm vùng nguyên liệu nông thủy sản, lại dễ dàng tiếp cận hệ thống cảng sông, cảng biển, cảng hàng không quế tế của vùng ĐBSCL. Điều này đã giúp cho các KCX và KCN Cần Thơ trở nên hấp dẫn các nhà đầu tư ngay từ buổi đầu thành lập với tỷ lệ lấp đầy thuộc hàng cao nhất nước. Ngay từ cuối năm 1999, KCN Trà Nóc 1 đã lấp đầy 90% diện tích đất công nghiệp. Sự thành công của KCN Trà Nóc 1 lúc bấy giờ được Ban quản lý các KCN Việt Nam đánh giá là “Điểm sáng của Đồng bằng sông Cửu Long”.
Tuy nhiên, tình hình thu hút đầu tư vào các KCN Cần Thơ trong thời gian gần đây bị chậm lại. Trong năm 2014, các KCN Cần Thơ thu hút vốn đầu tư chưa tới 50 triệu USD. Trong Quý 1 năm 2015, chỉ thu hút được 4 dự án mới, điều chỉnh 3 giấy chứng nhận đầu tư với tổng vốn đăng ký đầu tư trên 5,3 triệu USD.
Ngoài nguyên nhân khách quan do khó khăn kinh tế thế giới cũng như trong nước làm cho làn sóng đầu tư bị chững lại, thì các yếu tố quan trọng khác làm ảnh hưởng đến thu hút đầu tư của các KCN Cần Thơ đó là: TP. Cần Thơ là đô thị loại I, trực thuộc Trung ương, theo quy định hiện hành, các KCN Cần Thơ không được hưởng những chính sách ưu đãi so với các địa phương lân cận, các doanh nghiệp đầu tư vào các KCN Cần Thơ không còn được hưởng ưu đãi theo địa bàn mà chỉ còn ưu đãi ngành nghề và sản phẩm; bên cạnh đó, các chính sách ưu đãi đầu tư đối với các doanh nghiệp kinh doanh hạ tầng KCN về thuế thu nhập doanh nghiệp không còn. Về thủ tục hành chính “Một cửa” và “Một cửa liên thông tại chỗ” trong KCN đã bị phá vỡ khi nhiều chức năng của Ban quản lý các KCX và CN Cần Thơ đã chuyển giao về cho các sở, ngành khác giải quyết, nhà đầu tư, doanh nghiệp phải cất công đi lòng vòng thay vì chỉ nộp hồ sơ và nhận kết quả duy nhất tại Ban này như trước đây…
Đặc biệt, cơ sở hạ tầng giao thông trong vùng ĐBSCL nói chung, trong đó có TP. Cần Thơ trong những năm gần đây đã được Trung ương quan tâm đầu tư phát triển, tuy nhiên lại thiếu đồng bộ nên chưa phát huy hiệu quả. Tại TP. Cần Thơ đã có các cảng biển Cái Cui, cảng Cần Thơ…nhưng tàu lớn không vào được do luồng tàu vào sông Hậu cạn, hơn 70% lượng hàng hóa xuất nhập khẩu trong vùng phải thông qua các cảng ở TP. Hồ Chí Minh và các cảng ở Miền Đông, từ đó phải tốn kém thêm chi phí vận chuyển. Sân bay quốc tế Cần Thơ có năng lực phục vụ 3- 5 triệu hành khách năm, được khánh thành từ tháng 01 năm 2011 nhưng hiện nay chưa có đường bay quốc tế, chỉ có các chuyến bay nội địa từ Cần Thơ đi Hà Nội, Đà Nẵng và Phú Quốc…
Để cải thiện tình hình thu hút đầu tư vào TP. Cần Thơ nói chung và KCN Cần Thơ nói riêng, cần nhanh chóng, khẩn trương hoàn thiện kết cấu hạ tầng, nhất là hạ tầng giao thông trên địa bàn, đồng thời cần có cơ chế chính sách đặc thù nhằm khai thác thế mạnh Cần Thơ với tư cách là trung tâm kinh tế của vùng, bởi TP. Cần Thơ phát triển không chỉ cho riêng Cần Thơ mà còn tạo động lực phát triển cho cả vùng ĐBSCL.
Về thủ tục hành chính, cơ chế “một cửa”, một đầu mối tại Ban Quản lý các KCX và CN Cần Thơ cần được tăng cường nhằm tạo thuận lợi cho nhà đầu tư, doanh nghiệp. Theo đó, BQL các KCX- CN Cần Thơ là cơ quan quản lý nhà nước trong các KCN, là cơ quan đầu mối giúp UBND TP. Cần Thơ thực hiện việc quản lý các hoạt động của các KCN trên địa bàn, nếu có vấn đề gì phát sinh trong KCN có liên quan đến các Sở, ngành thì BQL chủ động phối hợp để giải quyết, tránh tình trạng chồng chéo, trùng lắp, gây khó khăn cho nhà đầu tư, doanh nghiệp…